Marek Krnáč pôsobí od roku 2020 na pozícií zástupcu riaditeľa Krajskej inovačnej rozvojovej agentúry (KIRA), ktorú založil Trnavský samosprávny kraj za účelom implementácie rozvojových a inovačných projektov na území Trnavského kraja. Okrem toho pôsobí od novembra 2023 ako predseda odbornej sekcie inovácií pri združení samosprávnych krajov SK8.
